Stephan Rügamer ist seit 1999 Ensemblemitglied der Berliner Staatsoper. Zu seinen dortigen Partien zählt Alfred ebenso wie Gabriel von Eisenstein, außerdem z.B. David (Die Meistersinger von Nürnberg), Cassio (Otello), Macduff (Verdis Macbeth), Narraboth (Salome), Sänger (Der Rosenkavalier), Boris (Katja Kabanová), Erik (Der fliegende Holländer) und Tamino, den er 2010/11 auch wieder an der Oper Frankfurt sang. Weitere Verpflichtungen führten den Tenor u.a. an die Komische Oper Berlin, die Staatsoper Stuttgart, die Semperoper Dresden, das Aalto-Theater Essen, die Bayerische Staatsoper, das Teatro Real in Madrid, zu den Bregenzer Festspielen (Johann Strauß: Der lustige Krieg), den Salzburger Festspielen, an das Théâtre du Châtelet (Matteo in Arabella), die Mailänder Scala (Loge in Das Rheingold), das Gran Teatre del Liceu in Barcelona (Marquese in Prokofjews Der Spieler) und nach St. Petersburg (Loge unter der Leitung von Valerij Gergiev). Zahlreiche CD-Aufnahmen entstanden.