Friedemann Layer ist seit 2009 freiberuflicher Dirigent, bleibt dabei aber einigen Orchestern und Opernhäusern eng verbunden. Von 1994 bis 2007 leitete er des Orchestre National und die Oper von Montpellier. Mit diesem Orchester produzierte er regelmäßig CD-Einspielungen, die renommierte Auszeichnungen erhielten. Von 2007 bis 2009 war er (als erster Dirigent in der Geschichte des Orchesters) ein zweites Mal Generalmusikdirektor in Mannheim. Diesen Posten hatte er bereits zu Beginn seiner Dirigentenlaufbahn inne. Zudem arbeitete er mehrere Jahre intensiv z.B. in Kopenhagen, Paris, Brüssel, Genf, Antwerpen und San Francisco. In Deutschland dirigierte der gebürtige Wiener u.a. auch zahlreiche Konzerte mit dem Berliner Sinfonie-Orchester im Konzerthaus in Berlin und eine Reihe von Neuproduktionen an der Semperoper. An der Oper Frankfurt gastierte er zuletzt anlässlich der Neuproduktion Die Sache Makropulos. Zudem leitete er hier Wiederaufnahmen von Eine florentinische Tragödie und Der Zwerg, Simon Boccanegra, Fausts Verdammnis und Lear. Geplant sind z.B. Neuproduktionen von Don Giovanni an der Deutschen Oper am Rhein in Düsseldorf und Das schlaue Füchslein an der Opéra national du Rhin in Straßburg.