Sebastian Zierer assistierte noch während des Dirigierstudiums (an den Musikhochschulen in Freiburg und Frankfurt) an der Oper Köln und leitete das Freiburger Studentenorchester. Des Weiteren arbeitete er mit der Philharmonie Südwestfalen und den Kammerorchestern Stuttgart, Pforzheim und Mannheim, sowie mehrfach mit der Polnischen Kammerphilharmonie in Danzig. Von 2006 bis 2008 assistierte er regelmäßig beim Landesjugendorchester Hessen. Er ist Stipendiat des Richard-Wagner-Verbandes und erhielt für besondere musikalische Leistungen den Kai-Uwe-von-Hassel-Preis der Stiftung der Regensburger Domspatzen. Nach seinem Diplom 2008 wurde Sebastian Zierer an der Oper Frankfurt als Solorepetitor engagiert, wo er u.a. Sebastian Weigle, Kirill Petrenko und Bertrand de Billy assistierte. 2010/11 hatte er hier die musikalische Leitung der deutschen Erstaufführung der Barabbas-Dialoge von Aulis Sallinen inne. 2011/12 folgten die Neuproduktion von Strawinskys Die Geschichte vom Soldaten und zwei Vorstellungen der Zauberflöte. Nach zwei Vorstellungen von Adriana Lecouvreur im Herbst 2012 umfassen weitere Dirigierverpflichtungen der aktuellen Saison die Wiederaufnahme von L’Étoile sowie Repertoirevorstellungen von Die Hochzeit des Figaro und Die Fledermaus.